对鱼类寄生虫病的防治措施虽然较多，但要使发病的水产品符合绿色食品要求，对防治的方法及用药等提出了更高的要求，并应从始至终坚持“预防为主、积极治疗、慎重用药”的原则。
鱼类越冬期间，体质消耗较大。因此，要注意加强鱼类的营养，选用较好的配合饲料投喂，但要注意每次投喂的量不要太多。同时，可定期在饲料中添加一部分营养及免疫调节剂，例如“免疫活性促长剂”、“鱼饲佳”等，可使鱼类的体质得到较快的恢复，大幅度的提升对外界寄生虫等病原生物的抵抗力，有很大效果预防寄生虫病的暴发。
越冬期间，由于池塘较少换水，各类水生生物的代谢废物蓄积在水中，这些代谢废物分解较快，消耗水中大量的溶解氧。氧量不足时会产生大量的有毒中间产物，使鱼类的抵抗力大幅度下降，感染包括寄生虫在内的各类疾病的机率增加。因此，除了要适当换水外，一定要保持水体的高溶氧与良好的水质环境，可定期使用水质改良剂与消毒剂，例如每10-15天施用一次“益池保”，或15-20天施用一次“保水王”，有效促进水体浮游植物的生长和水色的好转及鱼类的摄食，防止代谢废物的积累，有效改善鱼类生存的水体环境。
由于鱼体在越冬前或多或少都带有一定的寄生虫，水温一有升高，这些寄生虫很容易大量繁殖，使鱼体大量感染。为避免寄生虫病暴发，可选用市场上一些安全、高效、无公害的药物，例如“鱼虫杀星”、“克虫王”系列药物等，较彻底地杀灭越冬鱼体本身携带的少量寄生虫。
鱼类寄生虫病暴发后，虽然治疗的措施较多，但由于养殖的产品要符合无公害绿色食品的品质衡量准则，在药物的选用上一定要慎重。
①含砷制剂：如福美砷等；②含汞制剂：如硝酸亚汞和醋酸汞等；③有机氯杀虫剂：如五氯酚钠等。
2.控制使用的杀虫药物如敌百虫、敌敌畏、乙酰甲胺磷等有机磷类（高灭磷、杀虫灵）。此类含磷杀虫剂虽然能够较有效控制鱼类患寄生虫病，但其本身对鱼类的毒性较大。低剂量敌百虫易诱发致畸、致突变。同时，由于此类药物应用于生产的时间过长，很多寄生虫对其产生的抗药性越来越强，用药浓度由初期的 0.2ppm增至0.5ppm以上，有时甚至超过1ppm。不但治疗成本大增，还给养殖水体造成较大污染。
（1）优马林：可治疗小瓜虫、斜管虫、车轮虫等寄生虫病，并具有抗菌消毒作用，属于高效、无公害的治疗寄生虫病药物，在绿色水产养殖中可安全使用。
（2）鱼虫杀星：此产品是针对绿色水产养殖中寄生虫病而研制开发的一种防治鱼类寄生虫病的复方制剂；主治由车轮虫、指环虫、小瓜虫、中华鳋、锚头鳋、水蜈蚣等寄生虫引起的鱼病；用量少，见效快，对水体无污染，对鱼体无毒副作用；广泛适用于各种海淡水鱼类，包括对敌百虫等有机磷药物十分敏感的鳗鱼、鲳鱼、鳜鱼、鲈鱼等各种名优水产品，绿色养殖可安全使用。
（3）中草药杀虫剂：如苦楝皮、青篙、槟榔等，可浸汁后泼洒。也可选用“鱼饲佳”等制剂，能安全有效治疗寄生虫的侵袭。
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